学校设有检验系、药学系、医学系、基础医学系、公共部和思想政治理论课部等6个系（部）和1个药物研究所，开设有医学检验技术、药学、护理、临床医学、中药、卫生检验与检疫技术、医学生物技术、公共卫生管理、药物分析技术、药品经营与管理、医学检验技术（病理检验技术方向）、医学检验技术（输血技术方向）、康复治疗技术、医疗保险实务、医学文秘等15个专业和专业方向。2013年申报了口腔医学、医学影像技术、口腔医学技术等专业，迎接省教育厅和教育部的评估。建有中央财政支持的实训基地1个，中央财政支持提升专业服务产业能力建设项目1个，省财政支持提升专业服务产业能力建设项目1个，省级示范实习实训基地7个，省级特色专业建设点2个，省级教学团队2个，省级精品课程1门，省级高等学校优秀教材4门，省级“十二五”规划教材5门。校外实习实训基地133个。
2003年4月，学校将教务处的全日制招生录取工作，政教处的毕业实习安排及管理、毕业生就业推荐等职能工作合并成立了招生就业办公室。2004年9月，学校成功申报设立了“云南省第202职业技能鉴定所”，取得了药物制剂工、医疗临床辅助服务员、医药商品购销员、药房辅助员、药物检验工等15个工种的鉴定资格，并由招生就业办公室承担学校职业技能鉴定职能。2006年初，学校将职业技能鉴定职能划归教务处。2006年2月，学校升格为楚雄医药高等专科学校，招生就业办公室也更名为招生就业工作处，属学校中层行政职能部门。2008年学校涉外合作联络的工作职能交由招生就业工作处负责。2014年5月，学校将学生校外实习管理工作职能划归教务处负责。2014年11月，学校党委调整充实内部机构设置，将对外交流合作处和职业技能培训鉴定中心挂靠招生就业工作处。
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