基础医学院始建于1951年5月，原为白求恩医科大学基础医学部，1992年改“部”为“院”，是吉林大学集基础医学教育与科研于一体的重要教学基地。
学院以医学教育体制改革为契机，不断更新教育观念，深化教育改革，改善教学条件，办学水平进一步提高，逐步形成了自身特色和优势。
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学院始终坚持弘扬白求恩精神，积淀校园文化，培养优秀人才。现有研究生360人。其中，博士研究生137人，硕士研究生223人。近五年来，5篇博士学位论文获省级优秀博士学位论文奖，1人获教育部“博士研究生学术新人奖”。
学院依托吉林大学学科齐全、综合实力强的优势，紧紧围绕“发挥学科整体优势，提升医学教育水平，促进医学院快速和谐发展”主题，坚持以教学为中心，以学科建设为主线，以师资队伍建设和人才培养为重点，以机制体制创新为动力，以文化建设为基础，以党建创新为保障，继承和发扬白求恩优良传统，共同创造吉林大学医学事业新的辉煌。
学院非常重视学科建设和科研工作，不断提高创新意识，学科建设和科研水平明显提升。基础医学、生物学一级学科博士学位授权点覆盖学院所有二级学科。现有病理生物学教育部重点实验室1个，教育部长江学者创新团队1个。
