南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的中医药高等院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。建校60多年来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养了新中国中医药界最早的学部委员，为新中国中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生近2万名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、医学与生命科学学院、药学院、卫生经济管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共10所直属学院，28个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。
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学校是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医药文献信息检索中心南京分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席习近平出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。
面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，加强内涵建设，提升办学水平，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，积极创建“国际著名、国内一流”的中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列。
